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Ausgangspunkt der Grafologie war die Beobachtung, dass die Handschriften von Mensch zu Mensch variieren (vgl. Geschichte der Grafologie). Hinzu kam die Beobachtung, dass auch Mimik, Gestik und andere Bewegungsabläufe "typisch" sind für eine Person.
Die moderne Grafologie begann - wie alle Wissenschaften - mit sorgfältigem Sammeln und Ordnen, wobei versucht wird, Zusammenhänge und Gesetzmässigkeiten zu entdecken. Verschiedene Forscher arbeiteten daran eine Systematik zu entwickeln, sie zu perfektionieren und mit den jeweils neuesten Erkenntnissen aus nahestehenden Wissenschaftsbereichen abzustimmen.
Unterschiedliche Ansätze in der grafologischen Arbeit haben sich vor allem in Frankreich und in Deutschland entwickelt:
In Frankreich erstellte Abbé Michon eine Liste von Prototypen und fasste diese in Gruppen zusammen (vgl. Geschichte der Grafologie). Generell lehnt sich die französische Grafologie stark an Erkenntnisse und Entwicklungen in der Psychologie an.
In Deutschland befassten sich vor allem Mediziner und Naturwissenschafter mit der Grafologie, sodass der Aspekt der Systematik und das Bemühen um Messbarkeit und Validität einen besonderen Stellenwert bekam (vgl. Grafologie international).
Eine Schlüsselrolle spielte die noch junge Wissenschaft im Zusammenhang mit der Dreyfus-Affäre in Frankreich: Der 1894 wegen angeblichen Verrats militärischer Geheimnisse angeklagte Hauptmann Alfred Dreyfus wurde 1899 zu zehn Jahren Festungshaft und militärischer Degradierung verurteilt. 1906 wurde er voll rehabilitiert weil nachgewiesen werden konnte, dass die Dokumente, die ihn belastet hatten, gefälscht worden waren.